作为追求最终奠基的无前提性的哲学，现象学与传统形而上学相对立，但胡塞尔并不一般地反对形而上学。根据其普遍哲学的系统构想，先验现象学不仅包括作为第一哲学的本质现象学，而且包括第二哲学，即对事实科学的本质现象学的解释，胡塞尔称之为“奠基于先验现象学的形而上学”或“科学的形而上学”。作为整个普遍哲学的基础，本质现象学原则上必然先行于“科学的形而上学”。因此，胡塞尔并不否认传统形而上学所提出的问题的意义，也决不止步于传统形而上学的“最高的和最终的问题”．而是将它们回溯到现象学地基上加以解决。最终，形而上学在胡塞尔那里并不局限于对事实科学的本质现象学的解释．而是试图开启一门“新的意义上的形而上学”。