湛若水强调对天理的切已体认，试图融突和合程朱、道南学派及陆久渊之学，揭出道问学与遵德性各自的偏颇。他认为天理普遍存在于日用之间，所以可以随处体认天理。主张理、气、心、性、天、道、器一体无二，即心本体不分古今圣愚，都相同，是普遍的、永恒的，基本上继承了其师陈献章的“心学法门”。心作为其哲学本体，天理不在心外，而是心的内涵，是生而具有的；但由于蔽与嗜欲，而昧天理，需要断私欲、体天理。体认天理，要用敬这个大头脑，使心本体虚灵不昧。湛若水与王守仁在天理与致良知、格物等问题上展开辩论，王守仁认为湛若水随处体认天理是求之于外，湛氏认为心体万物而不遗，此心体是心物合一不二的心，是孔孟的正统血脉。湛氏批评王守仁训格为正，训物为念头，其物有四。湛王之辩，体现了两人在从程朱理体学向心体学演变过程中，虽都将本体安顿在心本体上，但其入手处却不同，一讲体认天理。一讲致良知，名异而实同。